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拾贝而行,且行且珍惜


由测序中国发起的“NGS十周年接龙”活动春节前的最后一波正在来袭。受赛默飞全国临床市场战略总监柴映爽推荐,今天,由上海睿昂总经理熊慧来分享她的NGS故事。(转载自"测序中国"公众号)


从科研走向临床的测序技术

与基因测序的缘分,要从二十年前说起。1996年,我在上海第二医科大学附属瑞金医院上海血液学研究所攻读硕士学位,师从陈竺、陈赛娟院士,对白血病相关基因PLZF、EEN和RARa进行测序研究,这是我人生中的第一个课题,经过三年的努力,我和血研所的其他同事们,顺利地完成了此三个基因的测序,相关文章发表于国际知名杂志PNAS和Oncogene,这也为我日后参与人类1%基因组计划打下了坚实的基础。

1990年启动的“国际人类基因组计划(Human Genome Project,HGP)”是一项举世瞩目、越国界、跨世纪的科学壮举,它与“曼哈顿原子弹计划”和“阿波罗登月计划”一起,被并称为人类自然科学史上的“三大计划”,是人类文明史上最伟大的科学创举之一。中国是继美、英、法、德、日之后的第6个参与国,也是唯一的一个参与的发展中国家,我有幸被陈竺老师选中负责国家人类基因组南方研究中心这部分的工作,这也成为了我人生中第一份工作。由于中国比其他国家晚进入到这个计划,因此难度更大,而且中国是发展中国家,当时的一大目标就是尽量为国家节约资金。为此,我们在技术提高和成本节省上进行科技攻关,提前两年高质量地绘制完成了国际人类基因组计划中国部分“完成图”,为基因组测序技术在中国的发展进行了一次意义极为重大的铺垫。这次宝贵的经历让我对测序技术有了深入的了解,也为我之后的职业规划明确了方向。

在完成人类1%基因组计划后,我远赴美国的Burnham Institute for Medical Research进行博士后深造。在那里,有幸结识了同样年轻、有热情、有梦想、不远万里飞到大洋彼岸求学的涂士春博士和毕业自北大协和的瞿明亮博士。十几年的友谊带来的除了不言自明的默契,还有三人互相影响牢不可破的对于科学的求真探索态度,两位现在也分别任职睿昂的医学部总监及市场部总监,共同为睿昂的宏伟梦想助力。

2005年,应陈竺、赵国屏院士邀请,我决定回国参与国家人类基因组南方研究中心疾病与健康省部共建实验室的创建工作。南方中心也在那时在国内较早地引进了454高通量测序仪,开启了NGS科研应用。从这一年开始,我真正接触到了NGS技术,从而开启了与NGS的十年征途。

随后我被委派进南方中心qixia的产业化公司上海申友生物技术有限责任公司,任企业负责人。那时,测序技术作为金标准已被部分用于临床诊断,但由于缺乏标准化,数据解读困难,因此没有获得CFDA认可的试剂盒。凭借着对测序技术的了解和开发试剂盒的功底,我带领着一支在分子诊断试剂领域有着丰富经验,囊括研发、质检、生产的团队,在解决质控标准化的基础上,开发了与测序相匹配的软件系统,将繁琐的计算过程交给计算机,有效地解决了测序技术用于临床的瓶颈, 开发的“乙型肝炎病毒及耐药突变检测试剂盒”获得CFDA III类的产品注册证,突破性地首次把一代测序技术运用到临床,并通过了CFDA认证,为NGS在临床上的应用奠定了基础。


血液病诊断需要测序技术

如今,白血病的病因学已从细胞生物学进入分子生物学的研究,诊断的依据也从最开始的仅依靠细胞形态学,发展到现在与免疫学、细胞遗传学以及分子生物学充分结合,分子诊断技术在白血病的诊断、预后判断及个体化治疗中应用日益广泛。随着2001年白血病特有的MIMC分型标准(M:形态学;I:免疫学;C:细胞遗传学;M:分子生物学)被载入世界卫生组织(WHO)的史册,再加上陈竺院士毕生致力于攻破白血病和将白血病纳入大病医保,分子诊断正逐渐成为白血病患者的常规检测项目之一。迄今为止,白血病在分子诊断领域的各类检测方法从细胞遗传学诊断,到分子遗传学诊断,再到各种突变检测以及新一代测序,这些技术在白血病的诊断、微小残留病的监测、预后判断及靶向治疗等方面发挥了重要的作用。

基因融合导至的染色体异常是引起白血病的一个很重要的因素。2012年,我们团队拿到了四个CFDA III级产品注册证,其中之一就是针对常见白血病融合基因的荧光检测试剂盒。随后我们公司创新性地研发出一款包含43种融合基因的检测试剂盒,进一步将可检测的范围扩大到慢性髓细胞白血病(CML)、急性髓细胞白血病(AML)和急性粒细胞白血病(ALL)。一经推出到市场,便引起了巨大的反响。然而,睿昂与白血病的故事并不终结于此。在与临床医生及患者的长期交流中,我们遇到过很多特殊的病例。比如说,有一个病人临床上高度怀疑为慢粒(CML), 然而通过常规的分子诊断方法比如核型分析、FISH、荧光PCR (BCR-ABL融合基因筛查)等进行检测, 结果却均为阴性。后来, 我们为这个病人做了一个二代全基因组测序,发现病人确实是BCR-ABL基因融合,但是是一种极其罕见的融合类型。这个病人很快就被确诊为CML,并及时得到了相应的靶向治疗。这个特殊病例引起了我们的兴趣及重视,从那个时候开始,将二代测序技术与肿瘤的诊疗结合起来,成为睿昂下一个需要攻克的目标。

随着肿瘤发病率逐年升高和靶向药物研发的大潮,美国率先提出“精确医疗”的概念,伞形(umbrella)计划和一篮子(basket)工程的提出,大规模高通量测序的应用越来越广泛。随着二代测序技术的日益成熟,越来越多的科研和临床机构把NGS作为平台运用在实体瘤和血液病的临床研究中,国家也陆陆续续推出高通量测序试点单位和实验室规范要求,NGS也因其高灵敏度(可以检测到丰度低至1%的少见突变类型,比起ARMS法的5%,一代测序15%-20%的灵敏度)、高通量得到众多客户信赖。

随着NGS平台在血液肿瘤中的应用,科学家们在常见的融合基因之外又发现了多种基因突变。同时,由于白血病细胞异质性的特点,每个白血病患者都可能同时拥有多种不同类型的突变或融合的亚克隆细胞。这些克隆随着疾病的进展或治疗措施的干预也会发生动态的突变。一篇关于AML预后分层的文章明确指出,利用NGS检测的突变结果对病人进行预后评估,可将原来通过细胞遗传学特征分为的中危患者再度细分为低危,中危及高危患者,再针对不同危险系数的患者进行不同的治疗方案。这一研究成果大大振兴了NGS技术在白血病诊疗中的应用。

基于睿昂在白血病分子诊断领域多年积累的经验,再加上我自己与NGS的多年不解之缘,我们很快研发出四款针对不同类型白血病患者的相关突变基因 Panel。与我们之前的白血病融合基因检测结合在一起,实现了对白血病患者从初诊、疾病类型划分、用药指导、预后评估到复诊、微小残留病灶监测的一站式诊疗体系。

随着“精准医疗”的如火如荼,NGS的运用技术又进一步被革新,在癌症领域显示出巨大的潜能。根据伞形(umbrella)计划和一篮子(basket)工程的想法,一个肿瘤拥有多种信号通路,多种肿瘤拥有相同信号通路的靶向药物研发思路,同期我们根据临床客户的需求和建议也推出了针对在中国高发的实体瘤的NGS Panel,覆盖肺癌、结直肠癌、胃癌、乳腺癌 、淋巴瘤、卵巢癌、黑色素瘤等,进一步丰富了我们的产品体系,更好的为临床客户和患者提供个体化诊疗服务。


让每个肿瘤病人接受负担得起的个体化诊疗服务,是我一直在走的路

从二十年之前接触基因测序这个领域开始,有一个想法就一直萦绕在我的心头。当时参加人类基因组计划时,中国是唯一一个发展中国家。在整个项目进行的过程中,我们每个人追求的都是用最少的钱,办最大的事, 达到最好的效果,最终项目的圆满完成也告诉我们,我们做到了!如今,中国的经济高速发展,但是昂贵的治疗费用对很多癌症病人来说仍旧是一个巨大的负担,让每个血液肿瘤和实体瘤患者接受负担得起的个体化诊疗服务,这是我在创建睿昂之初就一直贯彻的大方向之一。

几年前,当EGFR突变检测在中国市场上被广大临床医生所认可的时候,单个基因的检测价格是数千元,而白血病的分子检测由于其科研的前沿性,通常一次检测需要数个到数十个基因的检测。如果按当时EGFR的定价系统,患者所需要承受的经济压力就非常之大了,我们在研发产品的时候就想如何能够把成本控制在患者可以承受得起的范围。我们的研发和生产团队对产品研发的各个环节进行仔细研究,最后在每个步骤都保证产品质量性能的前提下,做到了尽可能控制成本。比如,原材料的选择上面,我们对比了国内外的供应商所提供的价格和产品质量,最终选择了几家性价比极高且可以长期合作的伙伴;在产品研发上面,由于睿昂在白血病领域多年的经验及绝对的领头羊地位,我们始终坚持自主研发,坚持“人的思想源泉才是第一生产力!”在定价方面,我们根据临床医生的建议和患者的接受程度给出了合理的价位。睿昂人艰苦奋斗、努力拼搏,充分利用投资者的每一分钱,让更多的患者享受负担得起的个体化诊疗服务!

多年来,我们一直致力于研究如何克服和战胜癌症。有了科学的诊疗体系和过硬的治疗技术,我们有理由相信,将给越来越多的癌症患者带来延续生命的希望。让患者可以得益于用得起的精准医疗,将是睿昂过去、现在以及将来一直坚守的信念!目前已有80%的在血液病领域排名前200的医院和肿瘤相关医院在使用睿昂的产品,我们的营销网络遍及全国,有十一个产品在CFDA报证中,除了血液肿瘤相关的,还包括肺癌、肠癌、脑胶质瘤、药物基因组学等相关检测产品。在写这篇文章之际,睿昂又得到了辰德资本与易凯资本的青睐,融资数亿,我们的故事仍在继续!

随着年初卫计委放开高通量测序技术临床应用试点,国家给我们这些基因测序诊断公司提供的政策将越来越好,再加上NGS及数字PCR等高尖端平台技术的不断成熟完善,将癌症变为慢性病乃至人类最终战胜癌症,不再仅仅是个美好的梦想!

        2016年年会公司员工集体照

上海源奇生物科技有限公司致力于个体化分子诊断试剂产品研发、生产、销售和检测服务,以发展我国的个体化诊疗事业为己任,旨在研发和生产具有国际先进水平的诊断产品.

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